境内にはたくさんの文化財があり 本尊の文殊菩薩騎獅像は宋様式の傑作（獅子は桃山時代の後補）で2013年に4体の脇侍像と共に国宝に指定されています。また境内には2基の古墳があり文殊院西古墳は我が国の終末期古墳を代表する切石造りの古墳で国の特別史跡に指定されています。またこの古墳の被葬者は当山の創建者、安倍倉梯麻呂と伝えられています。もう一基の文殊院東古墳は県史跡で別名「閼伽井古墳」とも呼ばれ羨道部の中ほどから水が湧き出ており、この水を使うと書道がうまくなるとの言い伝えがあります。 

　他にも金閣浮見堂、清明堂、ウォーナー碑、展望台など見所がたくさんあり季節を問わず参拝客でにぎわう人気スポットです。桜をはじめ季節ごとに咲き誇る花木も文殊院の魅力を一層引き立てています。