祭神は天照大神、崇神天皇の時代、宮中でお祀りしていた天照大神を豊鍬入姫命（とよすきいりひめのみこと）に託して、この桧原神社の地に「磯城神籬」（しきひもろぎ）を立てて祀った「倭笠縫邑」（やまとかさぬいむら）とされてます。大御神遷幸後もその跡を尊崇し、檜原神社として引き続き祀り、「元伊勢」として今に伝えられています。

しかしながら一時は石灯籠が二基あるだけのうらぶれた状況にあったのですが、昭和40年(1965年）10月に伊勢神宮の旧内宮外玉垣の東御門の古材を拝領し三ツ鳥居が復元され、今日に至っています。境内はいつも綺麗に掃き清められ、神々しい雰囲気を醸し出し、山の辺の道のおすすめスポットとなっています。鳥居越しに見える二上山の夕日は特に人気が高く、多くの観光客で賑わいます。