しかし伝承地は、ほとんど調査されることなく今日に至っていますが、脇本遺跡に限っては過去１８次にわたる調査が橿原考古学研究所と桜井市教育委員会によって行われ、５世紀後半、６世紀後半、７世紀後半の大型建物跡などが発見され、５世紀後半の遺構は雄略天皇の泊瀬朝倉宮（はつせあさくらのみや）跡と推定され発見された南北方向の掘立柱建物2棟は脇殿で正殿は春日神社西側の集落内にあったのではないかと考えられています。（雄略天皇は万葉集巻１の巻頭歌でも知られる第２１代の天皇で、当時は大王と呼ばれていました）

　また６世紀については欽明天皇の行宮である泊瀬柴垣宮（はつせのしばかきのみや）跡 、７世紀のものについては大伯皇女の斎宮跡の可能性が指摘されています。この地は、宮殿の前に泊瀬川(初瀬川）があり、すぐ近くにはヤマト王権の武器庫の可能性がある忍阪や軍事氏族の大伴氏の本拠地もあったとされ、水陸交通の要所として大和と東国を結ぶ重要な場所に位置付けられています。